医院合同工辞职，违约金和工资扣除问题咨询。

您提出的问题涉及违约金金额的合理性。根据《民法典》第五百八十五条第二款规定，如果合同约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。因此，如果您认为合同中规定的违约金金额过高，可以依法提出异议，并请求人民法院或仲裁机构进行调整。在处理此类问题时，请确保收集相关证据以支持您的主张。
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作为医院合同工，您正常辞职后，医院无权以任何非法定理由扣除您的工资。根据劳动法规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如遇医院非法扣薪，请及时向劳动监察部门举报或寻求法律援助。
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若合同未规定违约金，医院无权擅自扣除工资。您应首先与医院沟通，要求解释扣款原因并恢复工资。若沟通无果，可收集证据向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向法院提起诉讼，维护自身合法权益。同时，保留好工资条、劳动合同等证据，以备不时之需。